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单细胞与结构解析揭示细胞因子信号在葡萄膜黑色素瘤中的预后价值及靶向治疗潜力
《Genes & Immunity》:Mapping the role of cytokine signaling at single-cell and structural resolution in uveal melanoma
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年06月10日 来源:Genes & Immunity 5
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为解析葡萄膜黑色素瘤(UVM)肿瘤微环境复杂性并探索新治疗策略,研究人员通过整合单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据(GSE139829)和TCGA-UVM/GSE84976队列的批量RNA-seq数据,聚焦细胞因子信号相关免疫基因(CSIRGs)。研究发现ISG20基因显著上调且与晚期预后不良相关,通过Cox回归和LASSO构建的风险模型证实其作为生存预测标志物和靶点的潜力。差异药物敏感性分析和AlphaFold 2分子对接揭示ISG20与地西他滨的相互作用,为免疫治疗提供新思路。
这项研究通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术解析了8例原发性葡萄膜黑色素瘤(UVM)和3例肝转移灶的转录组特征,结合TCGA-UVM和GSE84976队列的批量RNA-seq数据,深入探究了细胞因子信号相关免疫基因(CSIRGs)的调控网络。研究发现137个CSIRGs在UVM中呈现动态变化,其中干扰素刺激基因20(ISG20)的表达水平与肿瘤分期和不良预后显著相关。
通过Cox回归和最小绝对收缩选择算子(LASSO)算法构建的风险模型,ISG20被确立为关键生存预测因子。药物敏感性分析显示高风险组患者对特定化疗药物响应差异显著,而免疫浸润分析揭示了肿瘤微环境的异质性特征。借助AlphaFold 2结构预测技术和分子对接模拟,研究团队成功解析了ISG20蛋白与候选药物地西他滨的相互作用模式,为靶向治疗提供了结构生物学依据。
该研究创新性地将单细胞组学与结构生物学相结合,不仅阐明了CSIRGs在UVM中的预后价值,更通过ISG20的发现为个体化治疗提供了新靶点,展现了多组学整合在肿瘤精准医疗中的应用前景。
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