科研人员从中国中山市城市河流中分离出一株具有苯胺降解能力的明星菌株——吡啶红球菌(Rhodococcus pyridinivorans) FL1。通过高精度的PacBio RS II单分子实时测序(SMRT)与Illumina NovaSeq双平台联合作战，成功绘制出该菌株的完整基因组图谱：包含1条4,882,508 bp的染色体、4个质粒，GC含量高达67.72%。

基因挖掘发现其装备了降解苯胺的"分子武器库"——细胞色素P450单加氧酶(CYP107DY1)可能负责苯胺羟基化，而儿茶酚1,2-双加氧酶(catA)和3-羧基-顺,顺-粘康酸环异构酶则联手破解芳香环，将2-氨基粘康酸半醛转化为粘康酸内酯，最终送入能量工厂TCA循环。与近缘菌株SB3094的基因组"亲缘鉴定"显示98.8%的平均核苷酸相似度(ANI)，16S rRNA基因与模式菌株SS2的相似度更达99.93%。

研究团队采用"分子手术"级操作：在30°C摇床中用500 mg/L苯胺"驯化"菌株，通过Wizard HMW DNA试剂盒提取高质量DNA。测序数据经fastp质控后，SOAPdenovo和Canu等生物信息学"拼图大师"将Illumina的5,794,977 bp短读段与PacBio的4,882,508 bp长读段完美组装，读段覆盖度分别达95.52%和99.4%。

这项发现为纺织印染、制药等行业废水处理提供了"活体净化剂"，国家自然科学基金(51579092)和CEEC重大项目(CEEC2023-ZDYF-09)共同护航的科研成果，彰显了合成生物学在环境治理中的应用潜力。